轉眼 7 月已經過去，小編在這里為大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究為主題的研究成果，截止現在，7 月以 DNA methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 723 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 7 篇作為重點分享，包括胚胎發育、癌癥、疾病、甲基化標志物以及多組學聯合分析的研究等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 7 月的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>8。
標題：Spatiotemporal DNA methylome dynamics of the developing mouse fetus
發育中的小鼠胎兒的 DNA 甲基體的時空動力學
時間：2020/7/29
期刊：Nature 42.778
平臺：WGBS、ATAC-seq、CHIP-seq
摘要：
胞嘧啶甲基化對哺乳動物的發育至關重要，但對其在發育胚胎中的時空分布的了解仍然有限。我們從 12 個小鼠組織或器官中分析了 168 個甲基體，它們分別處于從胚胎發生到成年的 9 個發育階段。通過比較不同發育階段不同組織或器官的甲基體，我們鑒定出 1,808,810 個差異甲基化區域。這些 DNA 元件主要在胎兒發育過程中失去 CpG 甲基化，而這種趨勢在出生后會逆轉。在胎兒發育的后期，非 CpG 甲基化主要發生在發育相關的關鍵轉錄因子中，并與它們的轉錄抑制效應一致。全基因組 DNA 甲基化、組蛋白修飾和染色質獲得性數據的整合使我們預測到 461141 個假定的與發育組織相關的特異性增強子。這些時空表觀基因組圖為研究組織或器官發育中的基因調控提供資源，并為研究與人類發育障礙有關的調控元件提供起點。
標題：The DNA methylation landscape of advanced prostate cancer
轉移性前列腺癌的 DNA 甲基化趨勢研究
時間：2020/7/13
期刊：Nat Genet 27.603
平臺：WGBS、RNA-seq、WGS
摘要：
DNA 甲基化是基因表達的關鍵調節方式，但是關于轉移性癌癥的全面甲基化狀態還未被揭示。通過對 100 例轉移性去勢抵抗性前列腺癌（mCRPC）的全基因組亞硫酸氫鹽測序與深度全基因組和轉錄組測序聯合分析，我們發現了一些只能通過整合全基因組才能檢測到的一些變化的驅動基因。值得注意的是，觀察到 22% 的腫瘤表現出一種新的表觀遺傳亞型，這種亞型與 TET2、DNMT3B、IDH1 和 BRAF 基因中的高甲基化狀態和體細胞突變有關。此外，還鑒定到三個致癌驅動基因 AR、MYC 和 ERG 的甲基化與其 RNA 表達相關的基因間調控區域。發現體細胞突變和假定的調控區域經常位于差異性低甲基化的區域。本研究是對轉移性癌癥中全基因組、全甲基組和全轉錄組測序的多組學研究，全面概述了甲基化在 mCRPC 中的重要調控作用。
標題：Bacteria pathogens drive host colonic epithelial cell promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in colorectal
結直腸癌中病原菌驅動宿主結腸上皮細胞抑癌基因的啟動子高度甲基化
時間：2020/7/16
期刊：Microbiome 11.607
平臺：MBD Cap-Seq、16S rRNA-seq
摘要：
微生物組組成的改變和抑癌基因啟動子的異常超甲基化是結直腸癌中的兩個重要標志。在這里，我們對 33 個活檢組織（5 個正常結腸粘膜組織，4 對腺瘤和腺瘤相鄰組織以及 10 對 CRC 和 CRC 相鄰組織）中同時進行了 16S rRNA 基因測序和甲基化捕獲測序（MBD Cap-Seq）。通過確定腫瘤抑制基因（TSG）啟動子超甲基化與 CRC 相關細菌之間的顯著關聯，然后對甲基化相關細菌進行功能驗證。結果確定了 H.hathewayi 和 Streptococcus spp 是調節甲基化程度的兩種細菌。對 TSG 的靶向分析顯示，H.hathewayi 和 Streptococcus spp 兩種細菌分別與 CDX2 和 MLH1 啟動子高度甲基化顯著相關。用細胞系和動物模型進行的機制驗證實驗表明，F. nucleatum 和 H. hathewayi 上調了 DNA 甲基轉移酶的表達。接種 H.hathewayi 可促進無菌小鼠和常規小鼠結腸上皮細胞增殖。實驗揭示了宿主細胞中 F. nucleatum 和 H. hathewayi 通過誘導 DNA 甲基轉移酶調控 TSG 的表觀遺傳調控方式。
標題：Identification and validation of novel DNA methylation markers for early diagnosis of lung adenocarcinoma
肺腺癌早期診斷的新型 DNA 甲基化標記物的鑒定和驗證
時間：2020/7/20
期刊：Mol Oncol 6.574
平臺：450K 芯片、RNA-seq
摘要：
肺癌是全球死亡率高的癌癥。表觀遺傳學改變已成為早期診斷各種癌癥組織類型的潛在生物標記。為了識別甲基化標記物以用于肺腺癌的早期診斷，作者旨在整合來自 TCGA 的全基因組 DNA 甲基化和基因表達數據。為此，首先檢查了肺腺癌的整體 DNA 甲基化模式，并研究了 DNA 甲基化亞型與臨床特征之間的關系。然后提取差異甲基化和表達基因，并采用特征選擇技術來確定的甲基化標記。在來自 Gene Expression Omnibus 的三個獨立數據集上評估了標志物在預測肺腺癌中的性能。通過免疫組織化學驗證標記基因的蛋白質水平，并在體內進一步驗證其生物學功能。在肺腺癌中鑒定了三個新的甲基化標志物，包括 cg08032924，cg14823851 和 cg19161124，分別映射到 CMTM2，TBX4 和 DPP6。在三個獨立的數據集上對這些結果進行驗證表明，這三種標記物在區分肺腺癌和正常樣品方面可以達到極高的敏感性和特異性。免疫組織化學定量結果證實，標記物在人肺腺癌中弱表達，并且 CMTM2 減緩了 Lewis 肺癌小鼠體內的腫瘤生長?？傮w而言，研究確定了肺腺癌中的三種新型甲基化標記物，它們可能有助于改善診斷，并可能為肺腺癌患者帶來更好的預后效果。
標題：Functional Genomics of the Pediatric Obese Asthma Phenotype Reveal Enrichment of Rho-GTPase Pathways
功能基因組學研究顯示 Rho-GTPase 通路在兒童肥胖哮喘病中富集
時間：2020/7/15
期刊：Am J Respir Crit Care Med 17.452
平臺：HELP-seq、RNA-seq、MEGA 芯片
摘要：
肥胖性哮喘與肺功能缺陷的非特應性輔助性 T 細胞 1（Th1）型炎癥相關，對少數民族兒童影響很大，但其潛在的機制尚不清楚。作者通過對美國西班牙裔和非裔的 59 例肥胖哮喘患兒和 61 例正常體重哮喘患兒的 CD4+Th 細胞進行轉錄組、DNA 甲基化以及基因分型的量化分析，eQTLs 和 meQTLs 揭示了遺傳變異對轉錄和 DNA 甲基化的貢獻。調整 Th 細胞亞型比例后，發現轉錄或甲基化差異是由與肥胖性哮喘獨立相關的基因座的亞型比例差異所驅動的，且肥胖哮喘患者比正常體重的哮喘患者有更多的記憶細胞和較少的幼稚 Th 細胞。與 Th 細胞亞型比例無關的肥胖哮喘患者的差異表達基因和甲基化基因以及 meQTLs 在 RHo-GTPase 途徑中富集。差異表達基因和甲基化基因，包括 RPS27L 與肥胖哮喘患者肺功能缺陷相關。發現肥胖性哮喘 Th 細胞中存在 RHo-GTPase 通路的富集，并將其確定為肥胖相關哮喘的新治療靶點。
標題：The inherited methylome landscape is directly altered with paternal aging and associated with offspring neurodevelopmental disorders
男性生育年齡的增長會通過改變精子的甲基化狀態影響后代神經發育
時間：2020/7/1
期刊：Aging Cell 7.238
平臺：RRBS、WGBS、焦磷酸測序
摘要：
男性生育年齡和其子女神經發育障礙患病率具有很強的關聯性。然而，其潛在的遺傳機制和遺傳模式未知。男性生育年齡的增長會累積患病風險，導致疾病易感性，并在后代中觀察到表型。表觀遺傳調控為疾病易感性的非基因父系遺傳提供了一個合理的解釋。隨著 WGBS 的使用，本文所描述的數據證實了隨著男性年齡的增長，精子的 DNA 甲基化表達譜越來越不穩定，并且初次證明了精子和胚泡中甲基化改變與男性生育年齡具有代際效應。甲基化改變并不是隨機分布在整個基因組中，而是在特定的染色體位置聚集，并且共定位于核小體保守區域。隨著男性生育年齡的增加，其精子和胚胎中與自閉癥譜系障礙、精神分裂癥和雙相情感障礙相關的基因顯著富集，并伴有致殘性地甲基化異常。這項工作闡述了男性生育年齡和后代神經發育障礙之間的潛在機制聯系，從而為更好地理解其原因，并為將來的治療提供方向。
標題：Exposure to gestational diabetes enriches immune related pathways in the transcriptome and methylome of human amniocytes
妊娠期糖尿病人羊膜細胞的轉錄組和甲基組聯合分析發現在免疫相關通路富集
時間：2020/7/20
期刊：J Clin Endocrinol Metab 5.399
平臺：RRBS、Hi-C、RNA-seq
摘要：
妊娠期糖尿病（GDM) 對宮內代謝環境有深遠影響，并與后代的肥胖和糖尿病有關，但驅動這些影響的機制仍不清楚。子宮內暴露于 GDM 的羊膜細胞中 DNA 甲基化和基因表達的改變是導致生命后期代謝功能障礙的潛在機制。采用巢式病例對照研究（n=14 對），對匹配后代性別、母親種族 / 族裔、母親年齡、羊膜穿刺術時胎齡和出生時胎齡的羊膜細胞進行研究。完成性別特異性全基因組 DNA 甲基化分析和 RNA-seq 分析，鑒別差異甲基化區（DMRs) 和基因表達變化。獨創性途徑分析識別了 GDM 暴露后富集的生物學相關途徑。在 Hi- C 分析中確定了潛在的染色質與 DMRs 的相互作用。GDM 羊膜細胞中干擾素刺激基因表達增加，占前 10 個改變基因中的 6 個（q<0.05)。GDM 羊膜細胞中豐富的生 物通路包括炎癥、干擾素反應、脂肪肝、單基因糖尿病和動脈粥樣硬化等途徑。在暴露于 GDM 的男性羊膜細胞中發現 42 例 DMR，在女性羊膜細胞中發現 20 例 DMR (q<0.05)。Hi- C 分析發現，在男性羊膜細胞中，DMRs 與 11 個表達顯著改變的基因相互作用，在女性羊膜細胞中，DMRs 與 9 個表達顯著改變的基因相互作用（p<0.05)。在子宮內暴露于 GDM 的人羊膜細胞的獨特存儲庫中，轉錄組分析發現了炎癥和干擾素相關通路的富集，以及具有潛在遠端調節功能的新型 DMRs。
上述分享的文獻中，大多都涉及到甲基化的多組學研究，但是使用的組學略有不同，這也證明多組學的研究是非常靈活的。其中，發表于 Nature genetics 的一篇關于轉移性前列腺癌的研究，通過對 100 例轉移性前列腺癌組織的 WGS、WGBS、RNA-seq 聯合分析發現了一種新的表觀遺傳亞型。南開大學發表的一篇肺腺癌甲基化標志物的研究，利用 450K 芯片對 415 個肺腺癌組織和 31 個正常組織進行測序，結合轉錄組數據發現了 3 個肺腺癌新型甲基化標志物，這是一種經典的關于甲基化標志物的研究思路。
文末列出了小編整理出的完整文獻列表，如果您對其中一些文獻更感興趣，就請聯系我們，獲得完整的文獻列表吧。
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