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七月份單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺(tái)等信息，接下來先看看其中 5 篇。
【標(biāo)題】單細(xì)胞 RNA-Seq 揭示了小兒室管膜瘤的細(xì)胞層次和受損的發(fā)育軌跡
【平臺(tái)】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【時(shí)間】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的異質(zhì)實(shí)體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應(yīng)用 scRNA-seq 來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內(nèi)異質(zhì)性和發(fā)育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細(xì)胞層級組成，其向神經(jīng)元 - 神經(jīng)膠質(zhì)命運(yùn)決定分化的三個(gè)譜系受損。盡管對室管膜瘤的預(yù)后有利的群主要包含分化的細(xì)胞，侵襲性的群中未分化的細(xì)胞群是豐富的。所描繪的轉(zhuǎn)錄組特征與患者的存活率相關(guān)，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學(xué)和臨床行為相關(guān)的發(fā)育層級。
【標(biāo)題】人鱗狀細(xì)胞癌成分和空間結(jié)構(gòu)的多模態(tài)分析
【平臺(tái)】10X（基因表達(dá)和空間轉(zhuǎn)錄組）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-07-23
【摘要】為了確定皮膚鱗狀細(xì)胞癌（CSCC) 的細(xì)胞組成和結(jié)構(gòu)，研究者將單細(xì)胞 RNA 測序與空間轉(zhuǎn)錄和來自一系列人類 cSCC 和配對正常皮膚的多重離子束成像相結(jié)合。CSCC 有四個(gè)腫瘤亞群，三個(gè)涵蓋了正常表皮狀態(tài)，以及一個(gè)腫瘤特異性角質(zhì)形成細(xì)胞（TSK) 群體，后者定位于纖維血管微環(huán)境中。單細(xì)胞和空間數(shù)據(jù)的整合將配體 - 受體網(wǎng)絡(luò)映射到特定的細(xì)胞類型，揭示了 TSK 細(xì)胞是細(xì)胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括 T 調(diào)節(jié)細(xì)胞（Treg) 與 CD8T 細(xì)胞在分隔的腫瘤間質(zhì)中的共定位。人類腫瘤移植的單細(xì)胞鑒定和體內(nèi) CRISPR 篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網(wǎng)絡(luò)在腫瘤發(fā)生中的重要作用。這些數(shù)據(jù)定義了 CSCC 腫瘤和間質(zhì)細(xì)胞亞群，它們相互作用的空間區(qū)位，以及它們參與癌癥的通訊基因網(wǎng)絡(luò)。
【標(biāo)題】自我報(bào)告的轉(zhuǎn)座子可以同時(shí)讀出單個(gè)細(xì)胞中的基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。
【平臺(tái)】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-07-24
【摘要】細(xì)胞異質(zhì)性混淆了轉(zhuǎn)錄因子（TF) 結(jié)合的原位檢測。單細(xì)胞 RNA 測序（scRNA-seq) 將細(xì)胞類型從基因表達(dá)中去卷積，但沒有技術(shù)將細(xì)胞身份與這些細(xì)胞類型中的 TF 結(jié)合位點(diǎn)（TFBS) 聯(lián)系起來。我們提出了自我報(bào)告轉(zhuǎn)座子（SRT)，并將其用于單細(xì)胞名片（SCCC)，這是一種在單細(xì)胞中同時(shí)測量基因表達(dá)和定位 TFBS 的新方法。從 mRNA 中恢復(fù) SRT 的基因組位置，通過外源 TF- 轉(zhuǎn)座酶融合沉積的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射來自 scRNA-seq 文庫的 SRT，同時(shí)識(shí)別這些相同細(xì)胞中的細(xì)胞類型和 TFBS。研究者使用此技術(shù)對多個(gè) TF 進(jìn)行基準(zhǔn)測試。使用 SCCC 在 K562 細(xì)胞中發(fā)現(xiàn) BRD4 介導(dǎo)的細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換。研究者在單細(xì)胞分辨率下定位了小鼠皮層中的 BRD4 結(jié)合位點(diǎn)，建立了一種原位研究 TF 生物學(xué)的新方法。
【標(biāo)題】單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組譜分析揭示中性粒細(xì)胞在穩(wěn)態(tài)和感染中的異質(zhì)性
【平臺(tái)】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【時(shí)間】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒細(xì)胞異質(zhì)性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細(xì)胞 RNA 測序分析了超過 25,000 個(gè)分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細(xì)胞，以提供嗜中性粒細(xì)胞在其穩(wěn)態(tài)和細(xì)菌感染過程中的成熟，功能和命運(yùn)決定的全面轉(zhuǎn)錄情況。通過不同的分子特征定義了八個(gè)嗜中性粒細(xì)胞群。三個(gè)成熟的外周血中性粒細(xì)胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細(xì)胞亞群。在已知和未表征的轉(zhuǎn)錄因子的驅(qū)動(dòng)下，嗜中性粒細(xì)胞在穿越轉(zhuǎn)錄環(huán)境時(shí)逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細(xì)胞應(yīng)答進(jìn)行精細(xì)調(diào)節(jié)的進(jìn)化機(jī)制。細(xì)菌感染可重編程中性粒細(xì)胞種群的遺傳結(jié)構(gòu)，改變亞種群和原始中性粒細(xì)胞之間的動(dòng)態(tài)過渡，以增強(qiáng)功能，而不會(huì)影響整體異質(zhì)性。總之，這些數(shù)據(jù)建立了一個(gè)參考模型和總體框架，以單細(xì)胞分辨率研究嗜中性粒細(xì)胞相關(guān)疾病的機(jī)制，生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。
【標(biāo)題】單細(xì)胞分辨率下拉伸介導(dǎo)的皮膚擴(kuò)張機(jī)制
【平臺(tái)】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-07-29
【摘要】皮膚對拉伸的反應(yīng)能力已經(jīng)在重建手術(shù)中得到了利用。盡管表皮細(xì)胞對拉伸的反應(yīng)已經(jīng)在離體中進(jìn)行了研究，但尚不清楚機(jī)械力如何影響它們在體內(nèi)的行為。本文里，研究者開發(fā)了一個(gè)小鼠模型，在這個(gè)模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細(xì)胞分辨率下進(jìn)行研究。使用克隆分析、定量建模和單細(xì)胞 RNA 測序相結(jié)合的多學(xué)科方法，表明了拉伸通過在表皮干細(xì)胞的更新活動(dòng)中產(chǎn)生瞬時(shí)偏差來誘導(dǎo)皮膚擴(kuò)張，而第二亞群的基底干細(xì)胞仍然致力于分化。轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)圖譜確定了細(xì)胞狀態(tài)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是如何通過伸展來調(diào)節(jié)的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內(nèi)以單細(xì)胞分辨率控制拉伸介導(dǎo)的組織擴(kuò)張的逐步機(jī)制。
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綜上所述，該研究初次從單細(xì)胞水平詳細(xì)探討了腸道樣本中不同免疫細(xì)胞因免疫治療引起變化的機(jī)制，發(fā)現(xiàn)了毒性 CD8+ T 細(xì)胞，增殖 CD8+ T 細(xì)胞以及 CD4+ Treg 細(xì)胞在 +CPI colitis 樣本中的富集，并且基于 TCR 序列信息驗(yàn)證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細(xì)胞大部分來源于 CD8+ Trm 細(xì)胞，通過對不同細(xì)胞因子的分析識(shí)別出了潛在的因免疫檢測點(diǎn)阻斷誘發(fā)的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點(diǎn)。
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七月份單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺(tái)等信息，接下來先看看其中 5 篇。
【標(biāo)題】單細(xì)胞 RNA-Seq 揭示了小兒室管膜瘤的細(xì)胞層次和受損的發(fā)育軌跡
【平臺(tái)】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【時(shí)間】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的異質(zhì)實(shí)體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應(yīng)用 scRNA-seq 來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內(nèi)異質(zhì)性和發(fā)育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細(xì)胞層級組成，其向神經(jīng)元 - 神經(jīng)膠質(zhì)命運(yùn)決定分化的三個(gè)譜系受損。盡管對室管膜瘤的預(yù)后有利的群主要包含分化的細(xì)胞，侵襲性的群中未分化的細(xì)胞群是豐富的。所描繪的轉(zhuǎn)錄組特征與患者的存活率相關(guān)，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學(xué)和臨床行為相關(guān)的發(fā)育層級。
【標(biāo)題】人鱗狀細(xì)胞癌成分和空間結(jié)構(gòu)的多模態(tài)分析
【平臺(tái)】10X（基因表達(dá)和空間轉(zhuǎn)錄組）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-07-23
【摘要】為了確定皮膚鱗狀細(xì)胞癌（CSCC) 的細(xì)胞組成和結(jié)構(gòu)，研究者將單細(xì)胞 RNA 測序與空間轉(zhuǎn)錄和來自一系列人類 cSCC 和配對正常皮膚的多重離子束成像相結(jié)合。CSCC 有四個(gè)腫瘤亞群，三個(gè)涵蓋了正常表皮狀態(tài)，以及一個(gè)腫瘤特異性角質(zhì)形成細(xì)胞（TSK) 群體，后者定位于纖維血管微環(huán)境中。單細(xì)胞和空間數(shù)據(jù)的整合將配體 - 受體網(wǎng)絡(luò)映射到特定的細(xì)胞類型，揭示了 TSK 細(xì)胞是細(xì)胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括 T 調(diào)節(jié)細(xì)胞（Treg) 與 CD8T 細(xì)胞在分隔的腫瘤間質(zhì)中的共定位。人類腫瘤移植的單細(xì)胞鑒定和體內(nèi) CRISPR 篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網(wǎng)絡(luò)在腫瘤發(fā)生中的重要作用。這些數(shù)據(jù)定義了 CSCC 腫瘤和間質(zhì)細(xì)胞亞群，它們相互作用的空間區(qū)位，以及它們參與癌癥的通訊基因網(wǎng)絡(luò)。
【標(biāo)題】自我報(bào)告的轉(zhuǎn)座子可以同時(shí)讀出單個(gè)細(xì)胞中的基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。
【平臺(tái)】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-07-24
【摘要】細(xì)胞異質(zhì)性混淆了轉(zhuǎn)錄因子（TF) 結(jié)合的原位檢測。單細(xì)胞 RNA 測序（scRNA-seq) 將細(xì)胞類型從基因表達(dá)中去卷積，但沒有技術(shù)將細(xì)胞身份與這些細(xì)胞類型中的 TF 結(jié)合位點(diǎn)（TFBS) 聯(lián)系起來。我們提出了自我報(bào)告轉(zhuǎn)座子（SRT)，并將其用于單細(xì)胞名片（SCCC)，這是一種在單細(xì)胞中同時(shí)測量基因表達(dá)和定位 TFBS 的新方法。從 mRNA 中恢復(fù) SRT 的基因組位置，通過外源 TF- 轉(zhuǎn)座酶融合沉積的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射來自 scRNA-seq 文庫的 SRT，同時(shí)識(shí)別這些相同細(xì)胞中的細(xì)胞類型和 TFBS。研究者使用此技術(shù)對多個(gè) TF 進(jìn)行基準(zhǔn)測試。使用 SCCC 在 K562 細(xì)胞中發(fā)現(xiàn) BRD4 介導(dǎo)的細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換。研究者在單細(xì)胞分辨率下定位了小鼠皮層中的 BRD4 結(jié)合位點(diǎn)，建立了一種原位研究 TF 生物學(xué)的新方法。
【標(biāo)題】單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組譜分析揭示中性粒細(xì)胞在穩(wěn)態(tài)和感染中的異質(zhì)性
【平臺(tái)】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【時(shí)間】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒細(xì)胞異質(zhì)性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細(xì)胞 RNA 測序分析了超過 25,000 個(gè)分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細(xì)胞，以提供嗜中性粒細(xì)胞在其穩(wěn)態(tài)和細(xì)菌感染過程中的成熟，功能和命運(yùn)決定的全面轉(zhuǎn)錄情況。通過不同的分子特征定義了八個(gè)嗜中性粒細(xì)胞群。三個(gè)成熟的外周血中性粒細(xì)胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細(xì)胞亞群。在已知和未表征的轉(zhuǎn)錄因子的驅(qū)動(dòng)下，嗜中性粒細(xì)胞在穿越轉(zhuǎn)錄環(huán)境時(shí)逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細(xì)胞應(yīng)答進(jìn)行精細(xì)調(diào)節(jié)的進(jìn)化機(jī)制。細(xì)菌感染可重編程中性粒細(xì)胞種群的遺傳結(jié)構(gòu)，改變亞種群和原始中性粒細(xì)胞之間的動(dòng)態(tài)過渡，以增強(qiáng)功能，而不會(huì)影響整體異質(zhì)性。總之，這些數(shù)據(jù)建立了一個(gè)參考模型和總體框架，以單細(xì)胞分辨率研究嗜中性粒細(xì)胞相關(guān)疾病的機(jī)制，生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。
【標(biāo)題】單細(xì)胞分辨率下拉伸介導(dǎo)的皮膚擴(kuò)張機(jī)制
【平臺(tái)】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-07-29
【摘要】皮膚對拉伸的反應(yīng)能力已經(jīng)在重建手術(shù)中得到了利用。盡管表皮細(xì)胞對拉伸的反應(yīng)已經(jīng)在離體中進(jìn)行了研究，但尚不清楚機(jī)械力如何影響它們在體內(nèi)的行為。本文里，研究者開發(fā)了一個(gè)小鼠模型，在這個(gè)模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細(xì)胞分辨率下進(jìn)行研究。使用克隆分析、定量建模和單細(xì)胞 RNA 測序相結(jié)合的多學(xué)科方法，表明了拉伸通過在表皮干細(xì)胞的更新活動(dòng)中產(chǎn)生瞬時(shí)偏差來誘導(dǎo)皮膚擴(kuò)張，而第二亞群的基底干細(xì)胞仍然致力于分化。轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)圖譜確定了細(xì)胞狀態(tài)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是如何通過伸展來調(diào)節(jié)的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內(nèi)以單細(xì)胞分辨率控制拉伸介導(dǎo)的組織擴(kuò)張的逐步機(jī)制。
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綜上所述，該研究初次從單細(xì)胞水平詳細(xì)探討了腸道樣本中不同免疫細(xì)胞因免疫治療引起變化的機(jī)制，發(fā)現(xiàn)了毒性 CD8+ T 細(xì)胞，增殖 CD8+ T 細(xì)胞以及 CD4+ Treg 細(xì)胞在 +CPI colitis 樣本中的富集，并且基于 TCR 序列信息驗(yàn)證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細(xì)胞大部分來源于 CD8+ Trm 細(xì)胞，通過對不同細(xì)胞因子的分析識(shí)別出了潛在的因免疫檢測點(diǎn)阻斷誘發(fā)的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點(diǎn)。
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