作者對(duì)非病變 (NL) 和病變 (LS) AD 皮膚進(jìn)行了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序，并將它們與健康皮膚進(jìn)行比較（HC）。利用高表達(dá)基因和病理學(xué)結(jié)果相結(jié)合進(jìn)行初步的細(xì)胞聚類。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，LS 樣本中真皮上層有明顯的白細(xì)胞浸潤(rùn)表達(dá)增加。

(2)  特應(yīng)性皮炎皮損和白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)的細(xì)胞結(jié)構(gòu)

作者為了進(jìn)一步探究白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)的細(xì)胞特征，將單細(xì)胞數(shù)據(jù)與空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)相結(jié)合，對(duì)空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)進(jìn)行更精確化的細(xì)胞注釋。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，T 細(xì)胞、DC 和巨噬細(xì)胞共定位于 AD 皮損的白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)域，靠近表皮的真皮上層，在 HC 和 NL 皮膚中數(shù)量較少。并且在該區(qū)域，CCL18、CCL19 和 CCL21 的基因表達(dá)高度上調(diào)。

(3)  識(shí)別病變皮膚白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)中的活化成纖維細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞

對(duì)獨(dú)立 AD 隊(duì)列的 19 個(gè)全層皮膚活檢進(jìn)行 RNA-seq 分析，檢測(cè)到 LS 中 CCL19、CCR7、CCL17、CCL22 和 TNC 的基因表達(dá)增加（圖 3A）。為了探索 AD 中不同細(xì)胞類型如何通過配體 - 受體對(duì) CCL19 和 CCR7 的表達(dá)來促進(jìn)免疫活性，作者將單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞亞類劃分。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在皮膚中多種細(xì)胞類型，包括基底角質(zhì)細(xì)胞和平滑肌細(xì)胞都表達(dá) CCL19。COL18A1⁺ 成纖維細(xì)胞和 LAMP3⁺DC 是 CCL19 的兩大來源。LAMP3⁺DC 是 CCR7 陽性細(xì)胞中的主要細(xì)胞類型，這可能表明這兩種細(xì)胞類型之間存在相互作用。之后通過病理學(xué)切片發(fā)現(xiàn)，COL18A1⁺ 成纖維細(xì)胞遍布整個(gè)真皮，但活化 COL18A1⁺ 成纖維細(xì)胞特別集中在 LS 的白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)域，并與 LAMP3⁺DC 共定位。

(4)  特應(yīng)性皮炎皮損位置巨噬細(xì)胞的空間特征

LS 中白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)域 CCL18 高度上調(diào)。因此，作者探究了 AD 患者皮膚中 CCL18 的來源。結(jié)果發(fā)現(xiàn) M1 巨噬細(xì)胞表達(dá) EGFR 配體雙調(diào)蛋白 (AREG)，但不表達(dá) CCL13 和 CCL18，而 M2 巨噬細(xì)胞僅在 AD 病變中表現(xiàn)出 CCL13 和 CCL18 的高表達(dá)。并且在 CCL13 和 CCL18 的空間基因表達(dá)共定位中也發(fā)現(xiàn)，LS 中白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)域有大量的 M2 巨噬細(xì)胞。

(5)  組織和血清中與成纖維細(xì)胞、DC 和巨噬細(xì)胞相關(guān)的蛋白質(zhì)水平與 AD 的嚴(yán)重程度相關(guān)

作者使用免疫熒光和免疫組化技術(shù)進(jìn)一步研究了皮膚中表達(dá) COL18A1⁺  的 TNC 成纖維細(xì)胞和 M2 巨噬細(xì)胞的定位情況。結(jié)果顯示，在 AD 患者的皮膚中，TNC 特別定位于表達(dá) COL18A1 的細(xì)胞周圍，并且在 LS 中顯著增加。表達(dá) CCR7 的細(xì)胞顯示在病變皮膚的白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)域，并且與表達(dá) CCL19 的 1B10⁺（成纖維細(xì)胞表面標(biāo)記）成纖維細(xì)胞非常接近。

同時(shí)作者為了研究這種細(xì)胞特征是否與血清生物標(biāo)志物表達(dá)模式相一致，使用了 AD 患者血清樣本進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)測(cè)定（olink）。結(jié)果顯示 AD 患者血清中三種生物標(biāo)志物（CCL18、TNC、REG1A）增加顯著。并且與特應(yīng)性皮炎評(píng)分（SCORAD) 顯著相關(guān)。

(6) AD 病變皮膚白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)配體與受體之間的相互作用

空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)分析表明，白細(xì)胞趨化因子、細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路和細(xì)胞外基質(zhì)組織相關(guān)受配體對(duì)的表達(dá)在 LS 中顯著相關(guān)，但在 HC 或 NL 中則不然。這些受配體對(duì)包括 CCL19-CCR7、COL4A1-CD93、MRC1-PTPRC，以及 CD3 和 CD1B 的相互作用。繪制受配體對(duì)熱圖，結(jié)果顯示，COL18A1⁺ 成纖維細(xì)胞和 LAMP3⁺DC 或 LAMP3⁺DC 本身就是 CCL19-CCR7 對(duì)的主要來源。COL4A1-CD93 對(duì)之間的相關(guān)性表明 COL18A1⁺ 成纖維細(xì)胞和 M2 巨噬細(xì)胞之間可能存在相互作用。CD14-ITGB2 和 MRC1-PTPRC 對(duì)代表 LS 中白細(xì)胞浸潤(rùn)區(qū)域中 M2 巨噬細(xì)胞和 T 細(xì)胞之間的顯著相互作用。其他受配體對(duì)（例如 C3-IFITM1）表明 COL18A1⁺ 成纖維細(xì)胞和 T 細(xì)胞之間存在相互作用。