5 月份單細胞測序相關(guān)文獻共收集到 51 篇（IF>9），文末列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來看看其中 5 篇文章。
文章展示
【標題】宿主病毒感染圖譜顯示出 COVID-19 嚴重患者的特征
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-05-08
【摘要】正如當前的 COVID-19 大流行所展示的那樣，病毒會對全球健康造成嚴重威脅。目前，缺乏有關(guān)人類宿主如何與病毒（包括 SARS-CoV- 2 病毒）相互作用的數(shù)據(jù)，限制了有效的治療干預。研究者介紹了 Viral-Track 的計算方法，它可以全局掃描單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)以確定病毒 RNA 的存在，從而實現(xiàn)受感染細胞與周圍細胞的分類。作者展示了 Viral-Track 的敏感性和特異性，以無監(jiān)督的方式系統(tǒng)地從多種感染模型（包括乙型肝炎病毒）中檢測病毒。將 Viral-Track 應(yīng)用于重度和輕度 COVID-19 患者的支氣管肺泡灌洗樣本，發(fā)現(xiàn)與輕度患者相比，病毒對重度患者免疫系統(tǒng)的影響顯著。Viral-Track 檢測到一種人偏肺病毒的聯(lián)合感染，主要存在于受 I 型干擾素（IFN）信號干擾的單核細胞中。Viral-Track 為剖析病毒感染和病理機制提供了強有力的技術(shù)。
【標題】恢復期患者 B 細胞單細胞測序鑒定出 SARS-CoV- 2 中和抗體
【期刊】Cell（IF=36.2）
【平臺】10X
【時間】2020.05.18
【摘要】COVID-19 大流行急需治療和預防措施。本文報道了用高通量單細胞 RNA 和 VDJ 測序法快速鑒定 60 例 SARS-CoV- 2 中和抗體的方法。從 8558 個抗原結(jié)合 IgG1+ 克隆型中，鑒定出 14 種有效的中和抗體，其中較有效的一種 BD-368- 2 對假型和真型 SARS-CoV- 2 的 IC50 分別為 1.2 和 15ng/mL。BD-368- 2 對 SARS-CoV- 2 感染的 hACE2 轉(zhuǎn)基因小鼠也有很強的治療和預防作用。還發(fā)現(xiàn)抗體的抗原決定基與 ACE2 結(jié)合位點重疊。作者還證明，根據(jù)預測的 CDR3H 結(jié)構(gòu)與 SARS-CoV 中和抗體的相似性，可以直接選擇 SARS-CoV- 2 中和抗體。綜上所述，通過高通量的單 B 細胞測序，可以有效地發(fā)現(xiàn)人類中和抗體，以應(yīng)對大流行性傳染病。
【標題】在組織中的特定細胞亞群中檢測到 SARS-CoV- 2 受體 ACE2
【平臺】10X
【期刊】Cell (IF=36.2)
【時間】2020.05.28
【摘要】SARS-CoV- 2 是導致 COVID-19 發(fā)病的重要病毒，了解其發(fā)病機制已迫在眉睫。SARS-CoV- 2 刺突蛋白結(jié)合血管緊張素轉(zhuǎn)換酶 2（ACE2），與宿主蛋白酶（主要是跨膜絲氨酸蛋白酶 2（TMPRSS2）協(xié)同促進細胞進入。SARS-CoV- 2 在宿主組織中靶向的細胞亞群和調(diào)控 ACE2 表達的因子尚不清楚。作者利用健康和疾病的人、非人類靈長類和小鼠單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)集，在組織常駐細胞亞群中發(fā)現(xiàn) SARS-CoV- 2 的假定靶點。作者鑒定了肺 II 型肺細胞、回腸吸收性腸細胞和鼻杯狀分泌細胞中 ACE2 和 TMPRSS2 共表達細胞。值得注意的是，作者發(fā)現(xiàn) ACE2 是一個體外使用氣道上皮細胞的人干擾素刺激基因（ISG），并將作者的發(fā)現(xiàn)擴展到體內(nèi)病毒感染。數(shù)據(jù)表明，SARS-CoV- 2 可以利用物種特異性干擾素驅(qū)動的 ACE2 上調(diào)（肺損傷期間的組織保護介質(zhì)）來增強感染。
【標題】人腦癌單細胞圖譜顯示侵襲組織白細胞的腫瘤特異性指示
【期刊】Cell (IF=36.2)
【時間】2020-05-22
【摘要】腦惡性腫瘤可以起源于中樞神經(jīng)系統(tǒng)（膠質(zhì)瘤），也可以從身體的其他部位侵入（轉(zhuǎn)移瘤）。高度免疫抑制腫瘤微環(huán)境（TME) 影響腦腫瘤的生長。目前尚不清楚 TME 主要是由中樞神經(jīng)系統(tǒng)微環(huán)境或惡性腫瘤本身形成的，同樣不清楚的還有中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤相關(guān)巨噬細胞（CNS tumor-associated, TAMs) 的多樣性、起源和功能。本文中，研究人員使用高維單細胞分析（CyTOF) 繪制了腦腫瘤的白細胞圖譜。僅 TME 內(nèi)組織駐留細胞和入侵免疫細胞的不均勻組成，就清楚地區(qū)分了膠質(zhì)瘤和腦轉(zhuǎn)移瘤（BrM)。膠質(zhì)瘤 TME 主要表現(xiàn)為組織駐留的反應(yīng)性小膠質(zhì)細胞，而組織浸潤性白細胞在 BrM 中積累。組織侵襲 TAMs 表現(xiàn)出獨特的特征軌跡，揭示了腫瘤驅(qū)動的指令以及對比鮮明的淋巴細胞激活和衰竭。明確腦腫瘤的特異性免疫特征，有利于合理設(shè)計靶向免疫治療策略。
【標題】人類骨骼肌圖譜確定了干細胞、祖細胞及人類多能干細胞的軌跡
【平臺】Drop-seq
【期刊】Cell Stem Cell (IF=21.5)
【時間】2020.05.10
【摘要】人類骨骼肌發(fā)生的發(fā)展軌跡以及祖細胞和干細胞狀態(tài)之間的轉(zhuǎn)換尚不清楚。作者使用單細胞 RNA 測序來構(gòu)建人胚胎、胎兒和產(chǎn)后階段骨骼肌組織的圖譜。在 silico 中，作者確定了肌源性和其他細胞類型，并構(gòu)建了人類骨骼肌個體發(fā)育的“路線圖”。以類似的方式，作者還分析了人類多能干細胞（hPSC），并將 hPSC 衍生的肌源性祖細胞映射到胚胎到胎兒的過渡期。作者發(fā)現(xiàn)共同調(diào)節(jié)的基因網(wǎng)絡(luò)和轉(zhuǎn)錄因子存在于不同的肌生成階段。這項工作為提高對人類肌肉生成的認識提供了資源。這也為進一步了解 hPSC 來源的肌源性祖細胞在骨骼肌再生醫(yī)學中的轉(zhuǎn)化應(yīng)用提供了工具。
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