截止 2020 年 3 月份伯豪生物協助客戶發表高質量文章總量 1706 篇（破 1700 了），平均 2.3 天發一篇文章。3 月共有 21 項文章成果，與各位老師好文共賞！

ATRX/EZH2 complex epigenetically regulates FADD/PARP1 axis, contributing to TMZ resistance in glioma

摘要：

膠質瘤是成人常見的原發性惡性腦瘤。一線化療藥物替莫唑胺（TMZ) 的耐藥是膠質瘤患者治療中的一個重要問題。ATRX 基因的變化是構成神經膠質瘤常見的遺傳異常現象之一。ATRX 在 TMZ 耐藥中的作用亟待闡明。作者結合基因表達、DNA 甲基化和 CHIP-seq 數據集進行生物信息學分析。利用 CRISPR-Cas9 基因編輯系統在 TMZ 耐藥細胞中實現 ATRX 敲除。通過體外和體內實驗，探討 ATRX 在膠質瘤中對 TMZ 耐藥的作用。結果顯示 ATRX 在 TMZ 耐藥細胞中通過 STAT5b/TET2 復合物介導的 DNA 去甲基化而表達上調，并通過穩定 PARP1 蛋白而加強 DNA 損傷修復。磁共振成像（MRI) 顯示，PARP 抑制劑聯合 TMZ 可抑制 ATRX 野生型 TMZ 耐藥顱內異種移植模型中膠質瘤的生長。本研究進一步闡明了 ATRX/PARP1 軸參與 TMZ 耐藥的新機制。研究結果為 PARP 抑制劑可能成為克服 ATRX 介導的 TMZ 膠質瘤耐藥的潛在輔助劑提供了大量的新證據。

Expression profiles of miRNAs in giant cell tumor of bone showed miR-187-5p and miR-1323 can regulate biological functions through inhibiting FRS2

摘要：

骨巨細胞瘤（GCTB) 被認為是一種交界性腫瘤，有復發和轉移的趨勢。microRNA 是一種非編碼小 RNA，可以通過 RNA 誘導的沉默復合體抑制靶 mRNA 的翻譯。本文研究人員利用 miRNA 芯片對 3 組 GCTB 患者的腫瘤組織和正常組織進行了差異表達 miRNA 分析，并對腫瘤組織中高表達的 miR-187-5p 和 miR-1323 進行了功能研究，結果提示這兩個 microRNA 在體外可以共同調節 GCTB 的生物學功能。RNAhybrid 預測，熒光素酶分析證實，這兩個 microRNAs 均能與靶基因 FRS2 mRNA 的 3’非翻譯區（UTR) 結合，通過影響 FRS2 的表達來調節 GCTB 的生物學功能。該研究結果為后續的 GCTB 治療提供了基因層面的參考信息。

Integrated analysis of DNA methylation and mRNA expression profiles to identify key genes involved in the regrowth of clinically non-functioning pituitary adenoma

發表期刊

Aging (Albany NY)

影響因子

IF=5.515 

中科院雜志分區 2 區

通訊作者所在單位

北京天壇醫院神經外科

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Illumina 

Infinium MethylationEPIC 

850K BeadChip

SBC human ceRNA array V1.0 (4×180 K)

摘要：

腫瘤再生是臨床無功能垂體腺瘤（NFPA) 的一個重要特征。目前尚無適用于術后患者的預后評估方法。作者旨在發現 DNA 甲基化生物標志物用于預后評估。對 71 例 NFPA 患者的腫瘤樣本進行了 DNA 甲基化芯片和基因表達譜分析。對比再生組和非再生組確定差異表達基因和差異甲基化基因。發現 13 個基因的 DNA 甲基化與基因表達負相關。通過無進展生存分析發現，FAM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 與腫瘤再生有關。基于 13 個基因建立預后預測模型，6 個基因模型的 AUC 值高 0.820。通過焦磷酸測序和 RT-PCR 對預后生物標志物進行驗證。單變量 Cox 回歸發現 FAM90A1 和 ING2 是腫瘤再生長的獨立預后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表達水平與腫瘤的再生有關，可以作為預測 NFPA 患者預后的生物標志物。

Transcriptomic and metabolomic responses in the livers of pigs to diets containing different non-starchy polysaccharides

摘要：

本研究旨在比較不同膳食非淀粉多糖（NSPs）對豬肝臟的轉錄和代謝反應，包括菊粉（INU）、生馬鈴薯淀粉（RPS）和果膠（PEC）。結果表明，PEC 能顯著降低豬的采食量和體重。NSPs 可降低肝內甘油三酯水平，升高膽汁酸水平。NSPs 下調脂質降解相關基因。參與氨基酸降解和代謝的基因被 RPS 和 PEC 上調，導致肝臟中氨基酸水平降低。此外，糖異生相關基因也被 RPS 上調。總的來說，三種 NSPs 都減少了肝臟脂肪沉積。此外，RPS 和 PEC 影響氨基酸代謝，RPS 改變肝臟的糖原生成。這一發現促使我們深入了解不同類型的 NSPs 在調節機體代謝中的作用。

Transcriptomic changes and potential regulatory mechanism of intrauterine human chorionic gonadotropin co-cultured with peripheral blood mononuclear cells infusion in mice with embryonic implantation dysfunction

發表雜志  

Ann Transl Med

影響因子

IF=3.69

醫學 2 區

通訊作者所在單位： 武漢大學第一臨床學院

伯豪服務

Shbio Analysis System

摘要

背景：

本研究旨在探討宮內輸注外周血單個核細胞（PBMCs）能否誘導子宮內膜轉錄組改變以適應著床及其可能的機制。

方法：

將 21 只小鼠隨機分為五組：正常妊娠組（NP）、胚胎著床功能障礙組（EID）、EID 加人絨毛膜促性腺激素（hCG）組、EID 加 PBMCs 組，和 EID 加 hCG 及 PBMCs 共培養組。收集小鼠著床窗口子宮內膜，采用 RNA-seq 檢測，并篩出符合率高、差異顯著的基因表達，并用 qRT-PCR 進行驗證。

結果：

與正常妊娠小鼠相比，EID 小鼠共有 1366 個基因上調和 1374 個基因下調。我們選擇倍數變化≥2（P<0.05）的先前報道的與胚胎著床、免疫應答等生殖過程相關的候選基因，用 qRT-PCR 方法驗證了其表達。EID 組中，白血病抑制因子（LIF）、溶質載體家族 15 成員 2（SLC15A2）、維甲酸受體應答器 1（RARRES1）、血管細胞黏附分子 1（VCAM1）表達下調，肌蛋白（MSC）、趨化因子（C-X- C 基序）配體 14（CXCL14）表達上調，（P<0.05），并且發現 hCG 具有協同作用。另外，NP 小鼠 PBMC 的糖皮質激素受體（GR）- β 的表達高于 EID 小鼠，EID 小鼠中上調 GR- β 可顯著增加 LIF、SLC15A2、RARRES1 和 VCAM1 的表達，降低 CXCL14 和 MSC 的表達，提示 GR- β 可能是上述 6 個基因的轉錄因子。

結論：

宮內灌注 PBMCs 可通過調節 LIF、SLC15A2、RARRES1、VCAM1、MSC 和 CXCL14 改善子宮內膜容受性損害的表現，hCG 可增強 PBMCs 的作用。此外，GR- β 作為一種轉錄因子，可以調控 PBMCs 中的 6 個基因。

Development of prognostic index based on autophagy-related genes analysis in breast cancer

發表雜志：Aging (Albany NY).

IF= 5.5

中科院分區 2 區

通訊作者所在單位：

華南腫瘤國家重點實驗室腫瘤醫學協同創新中心超聲科

涉及產品  

Shbio Analysis System

摘要：

背景：

自噬是一種能夠滿足細胞代謝需要的自我消化過程，與癌癥的發生發展密切相關。然而，自噬相關基因（ARGs) 對乳腺癌預后的影響尚不清楚。

結果：

作者首先發現 27 個 arg 與乳腺癌患者的總體生存率顯著相關。使用 Cox 回歸模型建立的預后相關 ARGs 信號包括 12 個 ARGs，可將患者分為高危組和低危組。高危分患者的總生存期（HR 3.652, 2.410-5.533;P <0.001) 低于低風險評分的患者。1 年、3 年、5 年受試者工作特征（ROC) 曲線下面積分別為 0.739、0.727、0.742。

結論：

12- args 標記物可以預測乳腺癌的預后，從而幫助對不同風險的患者進行個體化治療。

方法：

基于 TCGA 數據集，作者整合了 1039 名乳腺癌患者的 ARGs 表達譜。采用計算差分算法和 COX 回歸分析對差異表達 ARGs 和生存相關 ARGs 進行評價。此外，我們還探討了這些 arg 的突變。利用多變量 COX 分析，提出了一種新的基于 ARGs 的預后指標。

Integrated analysis of mRNA and protein expression profiling in tubal endometriosis

發表雜志：

Reproduction

IF= 3.125

生物 3 區

通訊作者所在單位：

上海交通大學醫學院附屬國際和平婦幼保健院婦產科

涉及產品  

Shbio Analysis System

摘要：

輸卵管子宮內膜異位癥（Tubal EM）是與輸卵管損傷和不孕相關的子宮內膜異位癥（EM）的一個亞型。由于 Tubal EM 的分子機制尚不清楚，我們認為輸卵管上皮細胞異常的轉錄組和輸卵管液中細胞因子引起的微環境改變可能是引起 Tubal EM 的原因。本研究的目的是通過整合轉錄組學和蛋白質組學的分析來鑒定 Tubal EM 的潛在的關鍵性 mRNAs/ 蛋白，并闡明重要的途徑、細胞功能，以及在 Tubal EM 發生和發展過程中的相互作用網絡。我們從有或無 Tubal EM 的患者身上獲得了人輸卵管上皮和輸卵管液樣本，用芯片技術分析了輸卵管上皮細胞，采用無標記 LC-MS/MS 定量分析輸卵管液。我們鑒定了差異表達基因（DEGs）和差異表達蛋白（DEPs），并確定了共同的 mRNA/ 蛋白。我們觀察到 35 種共同失調的 mRNAs/ 蛋白，IPA 顯示細胞運動、炎癥反應，及免疫細胞的轉運，在 Tubal EM 的發病過程中被顯著激活。我們還發現急性期反應信號通路的激活是輸卵管 EM 獨特的發病機制。我們的結果表明，轉錄組和蛋白質組的綜合分析有可能在分子水平上揭示新的疾病機制。

Deoxynivalenol Induces Inflammation in IPEC-J2 Cells by Activating P38 Mapk And Erk1/2

發表期刊

Toxins (Basel)

影響因子

IF=3.89

雜志中科院分區。

中科院雜志分區 3 區

通訊作者所在單位

南京農業大學

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RNA 測序

摘要：

鐮刀菌源毒素脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（DON) 通常會引起腹瀉、嘔吐和胃腸道炎癥。本文研究人員利用豬小腸上皮細胞系 IPEC-J2，研究了 DON 對豬小腸上皮細胞的細胞毒作用。通過 RNA-seq 技術對 DON 處理前后的 IPEC-J2 進行差異表達基因（DEGs) 篩選，共鑒定出 320 個上調基因和 160 個下調基因，這些 DEGs 主要富集在免疫相關通路上。DON 能誘導包括細胞因子、趨化因子以及其他炎癥相關基因在內的促炎基因的表達，并能促進 IL1a、IL6 和 TNF- α 的釋放，激活細胞外信號調節激酶 ERK1/2、JNK 和 p38 MAPK 的磷酸化。p38 抑制劑可減弱 DON 誘導的 IL6、TNF-α、CXCL2、CXCL8、IL12A、IL1A、CCL20、CCL4 和 IL15 的釋放，而 ERK1/ 2 抑制劑對 IL15 和 IL6 的抑制作用較小。p38 MAPK 抑制劑能減弱 IL1A、IL6 和 TNF- α 的釋放，ERK1/ 2 抑制劑部分減弱 IL6 的蛋白水平。這些數據表明 DON 通過激活 p38 和 ERK1/ 2 誘導 IPEC-J2 細胞產生促炎因子。

A severe leakage of intermediates to shunt products in acarbose biosynthesis

摘要：

眾所周知，阿卡波糖（Acarbose) 是一種 α - 葡萄糖苷酶的抑制劑，由游動放線菌 Actinoplanes sp SE50/110 產生，可以治療 2 型糖尿病。然而，這種化合物的生物合成機制尚未明確，阻礙了進一步提高藥物效價。在此，我們發現在發酵液中積累了大量的阿卡波糖中間產物 1 - 丙戊烯醇和丙戊烯醇，不直接參與阿卡波糖生物合成。還發現氨基脫氧己糖的生物合成效率很低部分在這些分流產物的形成中起作用。因此，研究人員通過盡量減少分流產物的流量，大限度地供應氨基脫氧己糖，使阿卡波糖效價提高了 1.2 倍甚至達到 7.4 g L?1。本研究提供關于 c7 - 環化醇生物合成的見解，并強調其在提高微生物效價的重要性。

Prenatal NO2 exposure and neurodevelopmental disorders in offspring mice: Transcriptomics reveals sex-dependent changes in cerebral gene expression

發表期刊  

影響因子

IF=7.94 

Environment International

雜志中科院分區。

中科院雜志分區 1 區

通訊作者所在單位

山西大學環境與資源學院

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RNA-Seq

摘要：

背景：

早年接觸二氧化氮（NO2）會增加兒童期或晚年患神經發育障礙的風險。

目的：作者主要研究在出生后沒有 NO2 暴露的情況下，出生前吸入 NO2 是否會導致子代神經發育異常和認知缺陷，以及這種出生前吸入 NO2 是如何影響出生后結果的。

方法：

妊娠 C57BL/ 6 小鼠在整個妊娠期暴露于空氣或 NO2（2.5ppm，5h/d）中，于出生后第 1、7、14、21 天處死。測定不同發育時期的 mRNA 表達譜，檢測子代的長非編碼 RNA（lncRNA）和認知功能，分析 hub-lncRNA 對差異表達基因（DEGs）的影響。

結果：

出生前吸入 NO2 對斷奶雄性后代的認知功能有顯著損害。在出生后不同的發育時期，雄性特異性反應伴隨著皮質的神經病理學和轉錄譜的異常。一直以來，對 DEGs 的 GO 分析顯示，雄性后代的神經發育相關生物過程和細胞成分持續受到干擾，而載脂蛋白 E（ApoE）是導致產前暴露誘發雄性特異性神經功能障礙的關鍵因素之一。此外，在后代中發現明顯的性別依賴性 lncRNA 表達，轉移相關的肺腺癌轉錄本 1（Malat1）作為中樞 lncRNA，在雄性后代中與 lncRNA-mRNA 共表達對中的大多數編碼基因共表達。重要的是，lncRNA-Malat1 的表達會升高，同時 Malat1 通過 NF-κB 的激活調節 ApoE 的表達。

結論：

出生前接觸 NO2，在出生后胎兒皮質會產生性別依賴性神經認知障礙和轉錄譜的變化。雄性特異性神經功能障礙與出生后神經發育過程中基因的不斷變化以及 hub-lncRNAs 對其轉錄調控有關。

LncRNA PEAMIR inhibits apoptosis and inflammatory response in PM2.5 exposure aggravated myocardial ischemia/reperfusion injury as a competing endogenous RNA of miR-29b-3p

摘要：

PM2.5 暴露下心肌對缺血 / 再灌注（I/R) 損傷的敏感性增強。lncRNA-miRNA 對 PM2.5 暴露下心肌損傷加重的研究仍處于序幕階段。在本研究中，作者首先建立了大鼠模型，暴露在 PM2.5 (6.0 mg/kg) 下，缺血 30min，再灌注 24h。作者發現 PM2.5 暴露在心肌損傷、凋亡水平、心功能等方面明顯加重損傷。然后，根據測序結果和 RT-qPCR，在后續實驗中選擇了 NONRATT003473.2，并將其命名為 PM2.5 暴露加重心肌 I / R 損傷 lncRNA (PEAMIR)。與大鼠模型結果一致，作者證實 PEAMIR 是一種對 H9c2 細胞中 PM + HR 觸發損傷具有保護作用的 lncRNA。接下來，根據 miRanda 數據庫的生物信息學分析和一系列的功能實驗，作者證明 PEAMIR 是 miR-29b-3p 抑制心臟炎癥和凋亡的 ceRNA。利用數據庫，在凋亡關鍵蛋白 PI3K (p85a) 的 3’utr 中識別出 miR-29b-3p 的保守結合位點。隨后的實驗驗證了 PEAMIR-miR-29b-3p ceRNA 對與 PI3K (p85a)/Akt/GSK3b/p53 級聯通路的調控關系。綜上所述，作者的研究證實了 PEAMIR 在 PM2.5 暴露下 I / R 損傷增強中的作用和機制，為 PM2.5 暴露下 I / R 損傷的防治提供了一種有前景的策略。

The(p)ppGpp-mediated stringent response regulatory system globally inhibits primary metabolism and activates secondary metabolism in Pseudomonas protegens H78

摘要：

假單胞菌蛋白 H78 產生多種次生代謝物，包括抗生素和鐵載體。鳥苷五磷酸或四磷酸（(p)ppGpp) 介導的嚴苛反應被細菌用來在營養饑餓和其他壓力下生存。作者研究了 relA/spoT 雙缺失對生長到中、晚期的 H78 蛋白的轉錄組特征、生理和代謝的整體影響。轉錄組學分析顯示，relA/spoT 缺失上調了參與 DNA 復制、轉錄和翻譯的基因的表達；氨基酸代謝；碳水化合物和能量代謝；離子運輸和代謝；和分泌系統。在 H78 中，relA/spoT 的缺失部分增加了細菌的生長，而降低了細胞的存活率。某些營養元素（C、P、S、N) 的利用由于 relA/spoT 的缺失而降低。相比之下，relA/spoT 突變在全球范圍內抑制了次生代謝基因簇（plt、phl、prn、ofa、fit、pch、pvd 和 has) 的表達。相應的，relA/spoT 突變顯著降低了抗生素和鐵載體的生物合成、鐵利用和耐藥性。本研究強調（p) ppgpp 介導的嚴苛反應調控系統在抑制 p 蛋白原的一級代謝和激活二級代謝中起重要作用。

Identification ofa novel NtLRR-RLK and biological pathways that contribute to tolerance of TMV in Nicotiana tabacum.

發表期刊  

Mol Plant Microbe Interact.

影響因子

IF=3.64 

中科院分區 2 區

通訊作者所在單位

鄭州

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RNA-Seq

摘要：

煙草花葉病毒（TMV) 感染可對作物造成嚴重損害。為探索植物抗 TMV 的途徑，利用 2 個不同抗性的煙草品種進行了 TMV 感染前后的轉錄譜分析。耐藥品種（Y) 和易感品種（N) 的生物途徑不同，特別是耐藥品種（Y) 的植物 - 病毒相互作用途徑迅速激活，特異性抗性基因豐富。LC-MS/MS 分析檢測到大量抗病毒物質。一個新的 NtLRR-RLK 基因被鑒定為發生甲基化，并通過亞硫酸氫鹽測序進行了驗證。TMV- gfp 在 prnain -NtLRR-RLK 轉基因植物中的瞬時表達證實了 NtLRR-RLK 對 TMV 敏感性的重要作用。我們研究得到的特異性蛋白相互作用圖顯示，BIP1、E3 泛素連接酶和 LRR-RLK 水平顯著升高，且均出現在蛋白相互作用圖的節點位置。在接種 TMV 后 24h 的 prnaintlrr - rlk 轉基因植株中也發現了相同的表達趨勢。這些數據表明，感染過程中的特定基因可以通過不同的抗性基因激活免疫信號級聯，信號通路的整合可以產生對病毒的抗性。這些結果有助于全面了解植物對 TMV 抗性的分子基礎，并有助于確定預防和控制病毒感染的新策略。

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